Con el reinado de los Reyes Católicos, España entra en la Edad Moderna. Atrás queda el sistema feudal de nobles y señores, muchas veces enfrentados al poder de la Corona. Con ellos llega también la derrota definitiva de los árabes en la Península Ibérica y por ende, el establecimiento de una nueva cultura y formas de vida, que no resultaron en absoluto beneficiosas para la mayoría de las ciudades del otrora floreciente Reino de Granada. # Los repobladores, cristianos viejos, trajeron consigo sus costumbres foráneas. Cambió la forma de trabajar la tierra, cambiaron los cultivos, dejando paso la agricultura de regadío al cereal de secano, adquirió fuerte presencia la ganadería extensiva, y el urbanismo abigarrado de las viejas medinas dejó paso a las nuevas trazas de la arquitectura monumental del Renacimiento. Mientras tanto la población morisca, ahora relegada al papel de pueblo sometido, trataba de mantener vivo su viejo y rico legado, truncado definitivamente con su expulsión en 1609, durante el reinado de Felipe III. # La conquista cristiana de Medina Baçta en 1489, antesala del final de la Guerra de Granada, trajo consigo con la posterior repoblación un cambio radical en las formas de propiedad y explotación de la tierra, abandonando su floreciente producción de azafrán y el cultivo de la morera para la obtención de la seda con la que se elaboraban sus reputadas alfombras para la oración y otras producciones artesanales, sumiendo a la ciudad en un lento pero inexorable proceso de estancamiento económico y poblacional, apenas paliado por su papel como cabecera de comarca y encrucijada de caminos. # El urbanismo de la vieja medina musulmana sufrió una importante transformación a partir del siglo XVI. Una gran importancia tuvo en ello el desolador terremoto de 1531 que arrasó más de 500 casas, según los cronistas de la época, además del afán de los nuevos pobladores cristianos por dejar la impronta de su cultura y costumbres. No menor importancia cabe darle al amplio programa constructivo desarrollado por el clero, fundamentalmente entre los siglos XVI y XVII, con la construcción de numerosas iglesias y ermitas, la mayor parte de las veces levantadas sobre las propias mezquitas musulmanas, o los conventos y monasterios de nueva planta que, literalmente, rodearon a la que antaño fuera poderosa y próspera ciudad árabe. A partir de finales del siglo XVI Baza empezó a languidecer, conociendo un leve resurgir durante el periodo de la Ilustración, coincidiendo con el reinado de Carlos III, para volver a conocer malos tiempos con la invasión francesa y las desamortizaciones posteriores que dieron al traste con gran parte de su patrimonio monumental, especialmente el religioso.